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作成日:2026/08/08
36協定を出していれば安心?中小企業が見直したい残業管理の基本

「36協定は毎年出しているから大丈夫」

 

中小企業の事業主の方とお話ししていると、このように言われることがあります。

 

もちろん、36協定を締結し、労働基準監督署へ届け出ることは大切です。

 

ただし、36協定は「出せば何時間でも残業させられる」というものではありません。

 

協定で定めた時間を超えて働かせることはできませんし、法律上の上限もあります。

 

また、36協定を届け出ていても、実際の勤怠管理ができていなければ、長時間労働や未払い残業代のトラブルにつながることがあります。

 

特に中小企業では、

 

「繁忙期だから仕方ない」

「管理職が現場で何とかしている」

「タイムカードはあるけれど、残業時間の確認まではできていない」

「固定残業代を払っているから細かく見ていない」

 

というケースも少なくありません。

 

残業管理は、単なる書類の問題ではありません。

 

社員の健康を守ること、未払い残業代を防ぐこと、そして会社を守ることにつながる重要な労務管理です。

 

今回は、中小企業が確認しておきたい36協定と残業管理の基本について解説します。

 

 

【36協定とは】

 

36協定とは、正式には「時間外労働・休日労働に関する協定」といいます。

 

労働基準法では、原則として1日8時間、1週40時間を超えて労働させることはできません。

 

また、毎週少なくとも1回、または4週間を通じて4日以上の休日を与える必要があります。

 

この法定労働時間を超えて残業をさせる場合や、法定休日に労働させる場合には、会社と労働者代表などとの間で36協定を締結し、労働基準監督署へ届け出る必要があります。

 

つまり、36協定は「残業をさせるための前提」となる手続きです。

 

36協定がないまま法定労働時間を超えて働かせると、労働基準法違反となる可能性があります。

 

中小企業でも、正社員だけでなく、パートやアルバイトに法定時間を超える労働をさせる場合には関係します。

 

「うちは小さい会社だから関係ない」というものではありません。

 

 

【36協定を出していても上限はある】

 

36協定を届け出ていれば、自由に残業させられるわけではありません。

 

時間外労働には上限があります。

 

原則として、時間外労働の上限は月45時間、年360時間です。

 

臨時的な特別の事情がある場合には、特別条項付き36協定を締結することがあります。

 

ただし、特別条項があっても上限なしになるわけではありません。

 

年720時間以内。

 

時間外労働と休日労働を合わせて月100時間未満。

 

時間外労働と休日労働を合わせて、2か月から6か月の平均がすべて1か月あたり80時間以内。

 

月45時間を超えることができるのは年6か月まで。

 

このような上限があります。

 

ここは、中小企業でも特に注意したいポイントです。

 

「特別条項を付けているから大丈夫」と思っていても、実際の残業時間が上限を超えていれば問題になります。

 

大切なのは、36協定の内容と実際の勤怠が合っているかを毎月確認することです。

 

 

【36協定は事業場ごとに必要】

 

36協定は、原則として事業場ごとに締結し、届け出るものです。

 

本社、支店、営業所、店舗、工場などがある会社では、それぞれの事業場で確認が必要になります。

 

中小企業では、複数の店舗や営業所があっても、本社だけで管理しているケースがあります。

 

しかし、働く場所ごとに労働時間の実態が違うことがあります。

 

本社は残業が少ないけれど、店舗は繁忙期に残業が多い。

 

事務部門は定時で帰れるけれど、現場作業は休日出勤がある。

 

営業所によって勤務時間や休日の扱いが違う。

 

このような場合、36協定の内容も実態に合わせて確認する必要があります。

 

また、労働者代表の選出も重要です。

 

会社が一方的に代表者を指名するのではなく、適切な手続きで選ばれた労働者代表と協定を締結する必要があります。

 

ここが不適切だと、36協定そのものの有効性が問題になる可能性があります。

 

 

【労働者代表の選び方にも注意】

 

36協定を締結するときには、労働者の過半数で組織する労働組合がある場合はその労働組合と、ない場合は労働者の過半数を代表する者と協定を結びます。

 

中小企業では、労働組合がない会社が多いため、過半数代表者を選ぶケースが多いと思います。

 

ここで注意したいのは、代表者の選び方です。

 

社長や会社が勝手に「今年もこの人で」と決めるのは避けるべきです。

 

管理監督者が代表者になっている場合も注意が必要です。

 

36協定の締結者としてふさわしい人を、労働者の意思に基づいて選ぶ必要があります。

 

たとえば、投票、挙手、回覧など、労働者が代表者を選んだことが分かる形にしておくとよいでしょう。

 

毎年同じ人が代表者になること自体が直ちに悪いわけではありません。

 

ただし、毎回きちんと選出手続きを行っていることが大切です。

 

「昔からこの人が署名している」というだけでは、後から問題になることがあります。

 

 

【残業時間を把握できているか】

 

36協定を出していても、実際の残業時間を把握していなければ意味がありません。

 

残業管理でまず確認したいのは、勤怠記録です。

 

タイムカード、勤怠システム、出勤簿など、会社によって方法は違うと思います。

 

大切なのは、実際の始業時刻、終業時刻、休憩時間がきちんと記録されているかです。

 

中小企業では、次のようなケースに注意が必要です。

 

出勤簿に出勤印だけ押している。

 

終業時刻が毎日同じになっている。

 

残業申請がないと残業時間として扱っていない。

 

持ち帰り仕事を把握していない。

 

早出や朝礼前の準備時間を記録していない。

 

休憩を取れていないのに、休憩時間を引いている。

 

勤怠管理があいまいだと、36協定の上限管理も、残業代の計算も正しくできません。

 

「社員を信頼しているから細かく見ない」という考え方だけでは、労務トラブルを防ぎきれない時代になっています。

 

 

【固定残業代があっても勤怠管理は必要】

 

固定残業代を導入している会社もあると思います。

 

毎月一定時間分の残業代をあらかじめ支払う仕組みです。

 

ただし、固定残業代を払っているからといって、残業時間を管理しなくてよいわけではありません。

 

実際の残業時間が固定残業時間を超えた場合には、追加の残業代が必要になることがあります。

 

また、36協定の上限を超えていないか確認するためにも、実際の労働時間の把握は必要です。

 

「固定残業代込みだから、何時間働いても同じ」

「残業代は払っているから勤怠は見なくてよい」

 

この考え方は危険です。

 

固定残業代を導入している会社ほど、次の点を確認しましょう。

 

基本給と固定残業代の内訳が明確か。

 

何時間分の固定残業代なのか書かれているか。

 

固定残業時間を超えた場合に追加支給しているか。

 

実際の残業時間を毎月確認しているか。

 

36協定の範囲を超えていないか。

 

固定残業代は、制度設計と運用を間違えると、未払い残業代トラブルになりやすい部分です。

 

 

【管理職の残業も見落とさない】

 

「管理職だから残業代は不要」と考えている会社もあります。

 

しかし、法律上の管理監督者に当たるかどうかは、肩書きだけでは判断できません。

 

店長、課長、マネージャーという役職名があっても、実態として労働時間の裁量や経営への関与が十分でない場合は、残業代の対象となる可能性があります。

 

中小企業では、現場責任者に多くの仕事が集中していることがあります。

 

責任は重いけれど、出退勤の自由はない。

 

シフトにも入っている。

 

人員不足の穴埋めもしている。

 

給与面でも一般社員と大きな差がない。

 

このような場合、「管理職だから残業代なし」と単純に扱うのは注意が必要です。

 

管理職の働き方も含めて、実際の労働時間を確認しておくことが大切です。

 

 

【残業の事前申請制は有効か】

 

残業を事前申請制にしている会社もあります。

 

残業する場合は、上司に申請して承認を受けるという仕組みです。

 

この制度自体は、残業を管理するうえで有効です。

 

ただし、事前申請がないから残業代を払わない、という運用には注意が必要です。

 

たとえば、上司が残業していることを知っていた。

 

実際には業務量が多く、残業しなければ終わらない状態だった。

 

申請しにくい雰囲気があった。

 

このような場合、申請がないから残業ではないとは言い切れません。

 

事前申請制を導入するなら、あわせて業務量の管理も必要です。

 

残業を減らしたいのであれば、「申請を厳しくする」だけではなく、「なぜ残業が発生しているのか」を見ることが大切です。

 

 

【休日労働も36協定で確認する】

 

36協定では、時間外労働だけでなく、休日労働についても確認が必要です。

 

特に、法定休日と所定休日の違いがあいまいになっている会社は注意しましょう。

 

法定休日とは、労働基準法上、与えなければならない休日です。

 

一方、所定休日とは、会社が就業規則や雇用契約で定めている休日です。

 

たとえば、土日休みの会社で、日曜日を法定休日、土曜日を所定休日としている場合があります。

 

休日出勤があったとき、その日が法定休日なのか、所定休日なのかによって、割増賃金の扱いが変わることがあります。

 

中小企業では、忙しいときに「土曜日だけ出てもらう」「休日に少しだけ対応してもらう」ということがあります。

 

その場合も、労働時間として適切に管理する必要があります。

 

休日労働がある会社は、36協定の内容、割増賃金、勤怠記録をあわせて確認しておきましょう。

 

 

【長時間労働は健康リスクにもつながる】

 

残業管理は、残業代だけの問題ではありません。

 

長時間労働は、社員の健康にも影響します。

 

疲労がたまる。

 

ミスが増える。

 

イライラしやすくなる。

 

メンタル不調につながる。

 

睡眠時間が減る。

 

家庭生活に影響が出る。

 

こうした状態が続くと、休職や退職につながることがあります。

 

中小企業では、一人が抜けると現場がさらに忙しくなり、残った社員の残業が増えるという悪循環が起こりやすいです。

 

だからこそ、残業時間は毎月確認する必要があります。

 

特定の人だけ残業が多くなっていないか。

 

特定の部署だけ負担が重くなっていないか。

 

繁忙期の対応が毎年同じ人に偏っていないか。

 

こうした点を見直すことが、人材定着にもつながります。

 

 

【36協定の更新忘れにも注意】

 

36協定は、通常、有効期間を定めて締結します。

 

多くの会社では1年間の有効期間にしていると思います。

 

そのため、毎年更新が必要です。

 

中小企業では、更新時期を過ぎてから気づくことがあります。

 

「去年出したから大丈夫」

「毎年同じ内容だから問題ない」

「忙しくて届出を忘れていた」

 

このような状態で、法定労働時間を超える残業をさせていると問題になります。

 

36協定は、有効期間が切れる前に更新手続きを行う必要があります。

 

毎年の労務カレンダーに、36協定の更新時期を入れておくと安心です。

 

また、前年と同じ内容でよいかも確認しましょう。

 

社員数が増えた。

 

新しい部署ができた。

 

残業が増えている。

 

休日出勤が発生するようになった。

 

こうした変化があれば、協定内容の見直しが必要になる場合があります。

 

 

【就業規則との整合性も確認する】

 

36協定とあわせて確認したいのが、就業規則です。

 

就業規則に、労働時間、休憩、休日、時間外労働、休日労働、割増賃金について定めているかを確認しましょう。

 

36協定では残業できる時間を定めていても、就業規則の内容が古いままになっていることがあります。

 

たとえば、

 

始業・終業時刻が実態と違う。

 

休憩時間が実際には取れていない。

 

休日の定めがあいまい。

 

割増賃金の計算方法が分かりにくい。

 

固定残業代の規定がない。

 

変形労働時間制を使っているのに規定が整っていない。

 

このような状態では、残業管理が不安定になります。

 

36協定だけを見直すのではなく、就業規則、雇用契約書、勤怠管理、給与計算をセットで確認することが大切です。

 

 

【中小企業が今確認したいチェックポイント】

 

36協定と残業管理について、中小企業が確認したいポイントを整理します。

 

36協定を毎年締結し、労働基準監督署へ届け出ているか。

 

有効期間が切れていないか。

 

事業場ごとに必要な届出ができているか。

 

労働者代表を適切に選出しているか。

 

36協定で定めた時間を社員が超えていないか。

 

原則の月45時間、年360時間を意識して管理しているか。

 

特別条項を使う場合の上限を把握しているか。

 

残業時間を毎月確認しているか。

 

固定残業代がある場合も実労働時間を把握しているか。

 

管理職の労働時間を見落としていないか。

 

休日労働の扱いを確認しているか。

 

勤怠記録と給与計算が一致しているか。

 

就業規則の労働時間・休日・割増賃金の規定が実態と合っているか。

 

すべてを一度に完璧にする必要はありません。

 

まずは、36協定の有効期間と、直近3か月の残業時間を確認するところから始めるとよいでしょう。

 

 

【まとめ:36協定は出すだけでなく、運用が大切】

 

36協定は、残業や休日労働を行う会社にとって重要な手続きです。

 

しかし、36協定を出しているだけでは十分ではありません。

 

大切なのは、協定の内容どおりに運用できているかです。

 

残業時間を把握しているか。

 

上限を超えていないか。

 

固定残業代の運用に問題がないか。

 

休日労働を正しく管理しているか。

 

労働者代表の選出は適切か。

 

就業規則や雇用契約書と整合しているか。

 

ここまで確認して、はじめて残業管理ができていると言えます。

 

中小企業では、人手不足や繁忙期の影響で、どうしても残業に頼らざるを得ない場面があります。

 

ただ、その状態を放置してしまうと、未払い残業代、長時間労働、社員の健康不調、退職といった問題につながる可能性があります。

 

残業をゼロにすることが難しくても、残業を見える化し、必要な範囲に抑えることはできます。

 

36協定は、会社を縛るためだけの書類ではありません。

 

会社と社員が、無理のない働き方を確認するための大切なルールです。

 

「毎年出しているから大丈夫」で終わらせず、今年は実際の勤怠や就業規則とあわせて見直してみてはいかがでしょうか。